Toruń znalazł się 7 czerwca 1999 r. na pielgrzymim szlaku Jana Pawła II podczas jego 7. pielgrzymki do Polski. Cała wizyta trwała od 5 do 17 czerwca 1999 r. Papież nawiedził wówczas: Gdańsk, Sopot, Gdańsk-Oliwę, Pelplin, Elbląg, Licheń, Bydgoszcz, Toruń, Ełk, Wigry, Siedlce, Drohiczyn, Warszawę, Sandomierz, Zamość, Radzymin, Łowicz, Sosnowiec, Kraków, Gliwice, Stary Sącz oraz Częstochowę. Hasłem pielgrzymki były słowa zaczerpnięte z Listu św. Jana Apostoła: „Bóg jest miłością”. Koordynatorem przygotowań był ówczesny biskup pomocniczy diecezji toruńskiej Jan Chrapek.
Papież przyleciał do Torunia z Bydgoszczy, wylądował o godz. 13.35. Został powitany przez przedstawicieli Kościoła z bp. Andrzejem Suskim na czele oraz przedstawicieli władz lokalnych. Przybycie Ojca Świętego do Torunia ogłosił swoim dźwiękiem dostojny średniowieczny dzwon Tuba Dei. Papież przejechał papamobile na Stare Miasto, zatrzymał się w domu biskupim, gdzie zjadł obiad i chwilę odpoczął. Następnie nawiedził toruńską katedrę Świętych Janów, gdzie zmówił modlitwę, a przy kaplicy chrzcielnej zaintonował pieśń „Salve Regina”.
Po godz. 17 Ojciec Święty spotkał się w auli UMK z ok. 1200 przedstawicielami świata nauki, reprezentującymi ok. 200 szkół wyższych. Było to pierwsze spotkanie Jana Pawła II ze światem nauki na świeckiej uczelni w Polsce. Główna myśl spotkania została zaczerpnięta z encykliki „Fides et ratio”, koncentrując się wokół wiary i poszukiwania sensu istnienia w kontekście badań naukowych. W rozważaniach odniesiono się również do Mikołaja Kopernika, a szczególnie jego listu z 1542 r. skierowanego do Pawła III w związku z publikacją dzieła „O obrotach sfer niebieskich”.
Kolejna część spotkania miała miejsce na toruńskim lotnisku. Zebrało się na nim ok. 300 tys. wiernych. Podczas oczekiwania na pielgrzymi uczestniczyli w Mszy św. Przewodniczył jej jezuita, misjonarz kard. Adam Kozłowiecki. Przypomnijmy, że jako młody jezuita prawie całą wojnę przesiedział we więzieniach i obozach. W Dachau spotkał ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego. Tak go wspominał w homilii: „Nigdy z nim nie rozmawiałem, ale go obserwowałem. Wzór kapłana, promieniowało od niego stałe zjednoczenie z Bogiem. Całą osobą dawał świadectwo Chrystusowi. W tym «przedpieklu», jakim były hitlerowskie obozy koncentracyjne, gdzie rozwrzeszczeni kapowie bili i kopali pogardzanych «klechów», obrzucając ich najgorszymi przekleństwami, ledwie ciągnących nogami, z tępym i wystraszonym wyrazem zapadniętych głodem oczu, spojrzenie na spokojne i nawet pogodne oczy ks. Frelichowskiego dawało świadectwo, że nawet w tych warunkach jest tu Ten, który powiedział: «Jestem z wami aż do skończenia świata». Całą swoją postawą dawał nam świadectwo, że nie jesteśmy tu sami, bo jest z nami Ten, który powiedział: «Nie bójcie się! Jam zwyciężył świat»”.
Tuż po godz. 18 zebrani na lotnisku pielgrzymi powitali Ojca Świętego. Po pieśni rozpoczęła się ceremonia beatyfikacyjna ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego. Ordynariusz toruński bp Andrzej Suski zwrócił się do Ojca Świętego z prośbą o włączenie w poczet błogosławionych ks. Stefana. Po odmówieniu przez Papieża formuły beatyfikacyjnej wszyscy zebrani wyrazili ogromną radość.
Następnie w kierunku ołtarza ruszyła procesja z relikwiami nowego błogosławionego. Towarzyszyła jej pieśń w wykonaniu chóru, specjalnie skomponowana na tę okazję przez Romana Gruczę do słów s. Wincenty Olkowskiej. Relikwie niósł Stanisław Bieńka, który zabezpieczył je w obozie koncentracyjnym w Dachau. Uroczystość zakończył bp Andrzej Suski, który podziękował za dokonanie aktu beatyfikacji.
Odbyło się także nabożeństwo czerwcowe, któremu przewodniczył kard. Franciszek Macharski. Punkt kulminacyjny nabożeństwa stanowiło nauczanie Papieża.
Po błogosławieństwie w kierunku ołtarza ruszył pochód darów ofiarnych. Ojcu Świętemu wręczono m.in. księgę działań charytatywnych, w której znalazły się zapisy działań wyrażających troskę społeczności miejskiej Torunia o osoby najsłabsze, chore oraz potrzebujące. Pośród darów znalazły się także: poemat religijny „Septem Sidera” przypisywany Mikołajowi Kopernikowi w łacińskim oryginale wraz z tłumaczeniem na języki polski i niemiecki - dar Wyższego Seminarium Duchownego; obraz przedstawiający pasiak z numerami obozowymi bł. ks. Stefana W. Frelichowskiego od byłych więźniów Dachau oraz obraz od Związku Polskich Artystów Plastyków w Toruniu; sieć rybacka od rybaków z Pojezierza Brodnickiego; piernik wielkości 50x45 cm w kształcie księgi, zawierający tytuł dzieła Kopernika, wyobrażenie układu heliocentrycznego i podpis astronoma - od Fabryki Cukierniczej „Kopernik” w Toruniu.

Pielgrzymki na beatyfikację Jana Pawła II

Samolotowa, 3 dni, termin 30 kwietnia - 2 maja, wylot z Gdańska (przelot, noclegi, wyżywienie), koszt 2820 zł

Autokarowa, 10 dni, termin 26 kwietnia - 5 maja, wyjazd z Torunia (przejazd, noclegi, wyżywienie, zwiedzanie: Rzym, Wenecja, Padwa, Asyż, Loreto, Manoppello, San Giovanni Rotondo, Monte Cassino), koszt 2450 zł. Informacje i zapisy:

Bez wewnętrznej odnowy i bez pokonania zła i grzechu w sercu, a zwłaszcza bez miłości, człowiek nie zdobędzie wewnętrznego pokoju. Pokój może przetrwać tylko wówczas, gdy jest zakorzeniony w wyższych wartościach, oparty na normach moralnych i otwarty na Boga. Nie może się natomiast ostać, jeśli został wzniesiony na grząskim gruncie religijnej obojętności i płytkiego pragmatyzmu. Rodzi się on w sercu ludzkim i w życiu społeczeństwa z ładu moralnego, porządku etycznego, zachowania Bożych przykazań.
Dzielmy się tym Bożym pokojem z innymi, tak jak to czynił błogosławiony kapłan i męczennik Wincenty Frelichowski. W ten sposób staniemy się zaczynem pokoju w świecie, w społeczeństwie, w środowisku, w którym żyjemy i pracujemy. Zwracam się z tym apelem do wszystkich bez wyjątku, a zwłaszcza do was, drodzy kapłani. Bądźcie świadkami miłosiernej miłości Boga. Głoście z radością Ewangelię Chrystusa, rozdając Boże przebaczenie w sakramencie pojednania. Przez swoją posługę starajcie się przybliżać każdego do Chrystusa - Dawcy pokoju. Fragment przemówienia Jana Pawła II w czasie nabożeństwa czerwcowego