Rodzicami ks. Stefana byli Marta Frelichowska z domu Olszewska (1886-1965) i Ludwik Frelichowski (1883-1957), którzy pobrali się w 1908 r. Mieli sześcioro dzieci, czyli Stefan miał: dwóch braci Czesława (ur. w 1909 r.) i Leszka (ur. w 1911 r.) oraz trzy siostry: Eleonorę (ur. w 1916 r.); Stefanię (ur. w 1919 r.); oraz Marcjannę Martę (ur. w 1926 r.). Późniejszy Błogosławiony urodził się w 1913 r., tzn. był młodszy od swoich braci - 4 lata od Czesława, starszy jednak od sióstr, od najmłodszej aż o 13 lat.
Stefan wzrastał wraz z rodzeństwem i uczestniczył w tworzeniu życia rodzinnego. Doświadczył obecności starszych braci, szczególnie Czesława. Był zapewne z niego dumny, jak i cała rodzina, kiedy rozpoczął studia prawnicze w Poznaniu. Bardzo głęboko przeżył jego śmierć, miał wtedy 17 lat. Kiedy 14 marca 1937 r. przyjmował święcenia kapłańskie w katedrze pelplińskiej, jego najmłodsza siostra Marcjanna przystępowała do I Komunii św. Kiedy w 1938 r. obejmował wikariat w Toruniu w parafii Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, jego starszy brat Leszek już od kilku lat prowadził rodzinny interes piekarski w Chełmży, siostra Eleonora była już mężatką i matką, siostra Stefania uczęszczała do gimnazjum w Toruniu, natomiast najmłodsza Marcjanna kończyła szkołę podstawową w Chełmży.
Pani Marta najstarszego syna urodziła, kiedy miała 23 lata, natomiast najmłodszą córkę w wieku 40 lat. Pan Ludwik miał odpowiednio 26 i 43 lata. Jak widać rodzina powiększała się na przestrzeni 17 lat. Przez ten cały czas wnosiła ona ten niesamowity dynamizm życia, który staje się udziałem tych wszystkich, którzy współuczestniczą w pojawianiu się nowego życia. Może on być porównywalny tylko z tajemnicą odejścia - śmiercią.
Najmłodsza siostra Marcjanna tak wspominała dom rodzinny: „W nim tętniło życie wieczorami. Zawsze przychodzili do nas dziadkowie i ciocia. Wszystkie uroczystości rodzinne odbywały się także u nas, ponieważ nasz dom był stosunkowo duży. Jego próg przekraczało też wiele młodych osób. Często śpiewaliśmy pieśni narodowe, patriotyczne i młodzieżowe. Oczywiście, były także kłopoty i zmartwienia. Czasami mieliśmy trudności finansowe. Ale wydaje mi się, że ten nasz dom był bardzo spójny. Nie pamiętam, oczywiście, wszystkich sytuacji. W pamięci pozostanie mi wspomnienie październikowych kolacji, które zawsze kończyły się modlitwą na różańcu, mimo że na różaniec chodziliśmy do kościoła. Często modlitwę tę odmawiali razem z nami czeladnicy, którzy uczyli się zawodu u taty”.
Przytoczmy także obszerny fragment dotyczący rodziny, który napisał Błogosławiony. Zaczerpniemy go z „Rozważań”, które snuł późniejszy Błogosławiony w oparciu o fragmenty Ewangelii wg św. Łukasza. Stefan rozpoczął swoje zapisy w końcu listopada 1932 r. Był wtedy klerykiem drugiego roku w Seminarium Duchownym w Pelplinie. Kiedy rozważa fragment o domu kapłańskim Elżbiety i Zachariasza (Łk 1,5-7), o swoim własnym napisze tak:
„A mój dom rodzinny? Moi rodzice? To ludzie nie uczeni, ale ludzie żyjący w bojaźni Pańskiej. Nie mogę powiedzieć o moich rodzicach, by dnie całe spędzali w kościele. Matka o ile możności spieszy do kościoła. Ojciec także. Ale za to u obu moich rodziców spostrzegam życie według Chrystusa. Mają może pewne usterki, ale nie dzieci rzecz sądzić wady rodziców. Dzieci rzecz to naśladować swych rodziców w dobrem. Matkę moją cechuje głęboka wiara, ufność w Opatrzność Bożą. Opowiadając o kolejach swego życia, o swej młodości ciężkiej, ale tak radosnej, bo opromienionej poczuciem spełnionego obowiązku, niewinności i miłosierdzia dla tych, którym się jeszcze gorzej powodzi.
Tę cechę miłosierdzia dla innych, pomocy dla słabych posiadała moja matka zawsze. W pamięci mej nie znajduję wypadku, by odmówiła rzeczywiście ubogiemu wsparcia tak duchowego, jak moralnego. Jeszcze więcej może ojciec, tatuś mój kochany. Ten bezkrytycznie jest miłosierny. Daje nawet temu, co kilka razy już u niego był. Jego dobre serce znane jest całej rodzinie i znajomym. Dlatego też wyzyskiwali to miłosierdzie, tę szlachetną chęć przyjścia bliźniemu z pomocą. Sami zaś, gdy potrzebowali rzeczywiście pomocy (a tej często potrzebowali), to dużo razy jej nie dostali, lub w takiej formie jakby to była tylko wielka łaska ze strony pomagającego. Ale w takim wypadku to wiem, że odpowiedzią na takie postępowanie było ze strony mych rodziców tylko wewnętrzne ubolewanie nad ludzką sprawiedliwością i wdzięcznością, i tym silniejsza wiara w Opatrzność Bożą, która «kiedyś jednak sprawi, że pójdzie nam dobrze». Nie bogactwa, nie zupełnego spokoju, ale byle wychować dzieci w bojaźni Boga i opłacić wierzycieli, każdemu oddać, co się należy. Bóg na wszystko patrzy.
Rodzice moi obaj skrzętnie pracowali i pracują bez wytchnienia. Mają pewien owoc pracy. Dom w Chełmży. To owoc wyłącznie ich wysiłków. Ale obecnie mimo bardzo lichego stanu interesu, nie ustają w pracy, miłosierdziu, nie czynią niesprawiedliwych, nieczystych interesów, konkurencji. Widzą powolny upadek interesu, ale nie ustają w ufności do Boga. «Bóg dał, Bóg wziął, Bogu ofiaruję choć na sercu tak ciężko...», tymi słowy matka żegnała Czesia, tymi słowy, pocieszali się rodzice po jego śmierci. I tu mam przykład jak działa zupełne oddanie się Bogu.
Jak inaczej było u cioci Andzi po śmierci Olusia. Tylko oparcie się w Bogu, ufne złożenie swego losu w Jego ręce może dać oparcie przeciw burzom życia. To tylko drobna charakterystyka mych rodziców kochanych. A ich miłość dla dzieci, bez rozpieszczania, ich wesołość, ich zgoda z całą bez wyjątku rodziną. Czy mógłbym nie kochać moich rodziców za te ich starania; nie kochać ich za ich cnoty. Brać z nich wzoru dla życia, bo w niczym złym nie mogę ich naśladować, bo tego u nich nie spostrzegłem. O Boże, dziękuję Ci z całego serca za mych rodziców chrześcijańskich. Dziękuję Ci za matkę, która mnie zawsze do Ciebie prowadziła i w duszę pierwsze ziarna miłości dla Ciebie wsiała. Dziękuję Ci, Boże, za mego ojca tak czynnego, we wszystkim zaradnego, pracującego, aż do stargania swych sił. Dającego nam wzór miłości dla bliźnich, dla dzieci, dla życia. Dziękuję Ci Boże bo nie umiem ich przymiotów wyrazić, ale głęboko tkwią mi w duszy. A dom rodzinny, błogi ten dom, ileż mi dał radości i ukochania Ciebie Boże. Te modlitwy wspólne, te Różańce, litanie w Wielkim Poście itd. itd. Boże mój, dziękuję Ci”.
Przywołany wyżej fragment to głębokie świadectwo młodego człowieka o swojej rodzinie. Może właśnie w nim tkwi klucz do zrozumienia tak owocnej obecności i posługi ks. Stefana pośród dzieci i młodzieży. To, co wyniósł z domu rodzinnego, naturalnie przeniósł do swojej aktywności duszpasterskiej. Kiedy czytamy taką wypowiedź, prawie natychmiast rodzi się w sercu pragnienie, aby nasze, także i moje dzieci, mogły kiedyś w przyszłości napisać lub podpisać się pod takimi słowami.