W dniu 3 maja 1981 r. bp Stefan Bareła powołał do istnienia Instytut Teologiczny w Częstochowie. Jego historia pokazuje, że był owocem założeń Soboru Watykańskiego II. Bp Stefan Bareła jako uczestnik Vaticanum II podjął decyzję zgromadzenia dokumentacji soborowej i rozpoczęcia nad nią naukowej refleksji pozwalającej wiernym realizować chrześcijańską misję w duchu soborowego „aggiornamento”. Zadanie to było realizowane przez Sekretariat Dokumentacji Soborowej (1966 r.).
Już 1 lutego 1967 r. bp S. Bareła zlecił ks. prof. Stanisławowi Grzybkowi prowadzenie wykładów o tematyce biblijno-soborowej. Zajęcia rozpoczęte 9 lutego odbywały się 2 razy w miesiącu w gmachu Kurii Diecezjalnej w Częstochowie i trwały do 1 czerwca 1967 r. Następnie bp Bareła powołał Studium Dokumentacji Soborowej. Pierwsza inauguracja Studium Soborowego w Częstochowie miała miejsce 1 października 1967 r. Doceniając intelektualny wysiłek diecezji częstochowskiej, 1 kwietnia 1969 r., rzymska Kongregacja Pro Institutione Catholica zezwoliła na posługiwanie się nazwą Instytut Dokumentów Soborowych Diecezji Częstochowskiej.
W tym samym okresie bp Bareła podjął działania zmierzające do nawiązania współpracy naukowej między powstałym Instytutem Dokumentów Soborowych w Częstochowie, a Akademią Teologii Katolickiej (ATK) w Warszawie. Na jej podstawie księża, zakonnice i studenci świeccy uczęszczający w latach 1969-73 na wykłady i seminaria naukowe oraz spełniający określone wymogi mogli uzyskać stopień magistra teologii na ATK. Na skutek rewizji kierunku swych prac, Instytut Studiów Dokumentów Soborowych ukierunkował swoją działalność dydaktyczną na specjalizację eklezjologiczną. Bp S. Bareła dekretem z 29 września 1972 r. erygował w Kościele częstochowskim Instytut Eklezjologiczno-Mariologiczny. Nazwa Instytutu uległa więc zmianie, przyjmując brzmienie odpowiadające preferowanemu kierunkowi badawczemu.
Następnie bp Bareła podjął konsultacje, które miały na celu rozeznać sprawę afiliacji Instytutu Studiów Dokumentów Soborowych w Częstochowie do Wydziału Teologicznego w Krakowie. Z taką prośbą zwrócił się do metropolity krakowskiego kard. Wojtyły pismem z 15 czerwca 1972 r. Stanowisko częstochowskiego hierarchy skłoniło metropolitę krakowskiego do rozległych inicjatyw zarówno w Stolicy Apostolskiej, jak też podjęcia konkretnych działań w ramach Wydziału Teologicznego. Metropolita krakowski mocno zaangażował się w sprawę uzyskania odpowiednich uprawnień dla Studium Teologii Podstawowej w Częstochowie. Sprawę tę osobiście przedstawiał w Rzymie czyniąc w tym względzie wiele starań.
Gdy w 1974 r. Stolica Apostolska nadała ośrodkowi teologii w Krakowie nazwę Papieski Wydział Teologiczny. Pojawiła się możliwość powrotu do obopólnej współpracy Częstochowy i Krakowa uwzględniającej oczekiwania bp. Bareły co do ustanowienia filii w stolicy biskupstwa maryjnego. Od roku akademickiego 1974/1975 studium licencjackie, podobnie jak Częstochowskie Seminarium Duchowne w Krakowie, zostało związane z Papieskim Wydziałem Teologicznym w Krakowie, jako sekcja tegoż wydziału o profilu eklezjologiczno-mariologicznym. Jego ukończenie pozwalało uzyskać stopień naukowy licencjata teologii. Tak ukształtowany ośrodek dydaktyczno-naukowy posiadał własną strukturę. Na jego czele stał rektor ks. prof. dr hab. Stanisław Grzybek. W siedzibie Instytutu reprezentował go wicerektor - ks. dr Zenon Mońka, a od 23 października 1979 r. funkcję tę pełnił ks. dr Stanisław Włodarczyk. W skład Instytutu wchodził także dyrektor administracyjny, którym został ks. dr Ireneusz Skubiś i kierownicy poszczególnych sekcji.
25 stycznia 1978 r. bp S. Bareła skierował pismo do dziekana Papieskiego Wydziału Teologicznego w Krakowie ks. prof. dr. M. Jaworskiego prosząc o afiliowanie. Zwrócono się również o opinię w tej sprawie, 10 maja 1978 r., do Kongregacji Edukacji, a 5 czerwca 1978 r. kard. Karol Wojtyła otrzymał z kongregacji potrzebne sugestie.
Następnie, po wyborze Jana Pawła II, do wyrażenia własnego stanowiska, co do związków Instytutu z Papieskim Wydziałem Teologicznym został zobowiązany następca Papieża Jana Pawła II na stolicy biskupiej Krakowa, zarazem Wielki Kanclerz Papieskiego Wydziału Teologicznego - kard. F. Macharski. Wydał on w tej sprawie pozytywną opinię 19 lutego 1979. Po posiedzeniu Komisji Episkopatu Polski do Spraw Nauki Katolickiej, która odbyła się 14 i 15 marca 1980 r., na wniosek bp. Bareły zostało zwołane nadzwyczajne spotkanie z przedstawicielami Papieskiego Wydziału Teologicznego w Krakowie. Wkrótce bp S. Bareła, po uzyskaniu ustnej aprobaty kompetentnych przedstawicieli Stolicy Apostolskiej i przy poparciu samego Papieża, dekretem z 3 maja 1981 r. powołał do życia Instytut Teologiczny w Częstochowie oraz zatwierdził jego statut. Umowa o współpracy naukowej między Papieskim Wydziałem Teologicznym w Krakowie i Instytutem Teologicznym w Częstochowie została sygnowana 22 września 1981 r., a podpisana i wprowadzona w życie 1 października 1981 r. Zatwierdzenie Instytutu Teologicznego w Częstochowie, jako filii Papieskiego Wydziału Teologicznego w Krakowie przez Kongregację do Spraw Katolickiego Wychowania nastąpiło 30 stycznia 1982 r. po spełnieniu wszystkich wymogów formalnych i uzyskaniu pozytywnej opinii od Komisji Episkopatu Polski do Spraw Nauki Katolickiej. Na mocy umowy z 3 maja 1981 r. sekcja eklezjologiczno-mariologiczna, włączona została całkowicie, strukturalnie do Papieskiego Wydziału Teologicznego w Krakowie.
Instytut, od chwili swego powstania prowadził działalność na poziomie akademickim. Świadczy o tym tematyka wykładów skupiająca się wokół nauczania soborowego i nauczania Jana Pawła II.