Ksiądz Prymas na początku Eucharystii poświęcił ołtarz, tabernakulum, ściany kaplicy oraz ikonę jej patrona, ks. Stanka. Ikona jest dziełem artysty Mateusza Środonia.
W homilii kard. Glemp podkreślił, że Muzeum Powstania Warszawskiego przybliżyło historię młodemu pokoleniu. W Eucharystii wziął udział prezydent Warszawy Lech Kaczyński. Licznie zgromadzili się powstańcy. Cieszyli się z faktu, że wreszcie kaplica została oddana do użytku. Chwalili jej skromny, służący skupieniu nastrój.
Wnętrze zaprojektował krakowski architekt Wojciech Obtułowicz, autor koncepcji architektonicznej całego Muzeum Powstania Warszawskiego. Ściany wyłożone zostały szarym wapieniem, a podłoga kostką. Dla wiernych ustawiono rzędy krzeseł. Nie ma żadnych większych ozdób. Z czasem wystrój kaplicy się zmieni. Mateusz Środoń ma stworzyć ścienne malowidło Pochód 108 męczenników. Przybędzie też droga krzyżowa.
Kapelanem kaplicy został ks. Zygmunt Wudarkiewicz z parafii Wszystkich Świętych na pl. Grzybowskim. Zapewnia, że w każdą niedzielę o 12.30 sprawowane są w kaplicy Msze św. Wcześniej można skorzystać z sakramentu pokuty. W dni powszednie kaplica otwierana jest jedynie dla zorganizowanych grup pielgrzymów przybywających ze swoim kapłanem. Grupy bez kapłana mogą prosić o otwarcie kaplicy i odprawienie Mszy św. ks. Wudarkiewicza.
Patron kaplicy, bł. Józef Stanek, pallotyn, w czasie Powstania Warszawskiego był naczelnym kapelanem zgrupowania AK „Kryska”. We wrześniu 1944 r., gdy walki powstańcze dobiegały końca, nie skorzystał ze sposobności przeprawy na Pragę, odstępując miejsce w łodzi innemu powstańcowi. Po opanowaniu przez Niemców Czerniakowa został powieszony. Beatyfikował go Jan Paweł II 13 czerwca 1999 r. w gronie 108 męczenników II wojny światowej.