Z inicjatywy o. Bonawentury w 1629 r. powstała fundacja klasztoru Reformatów w Przemyślu. Rodowity przemyślanin, popularny kaznodzieja i świetny organizator marzył, by w rodzinnym mieście zbudować reformacki klasztor. Marzeniem o. Bonawentury sprzyjała kapituła, która podczas obrad podjęła decyzję, by właśnie on zajął się tworzeniem fundacji. Dla powodzenia tej idei należało pozyskać przychylność wpływowych ludzi tamtych czasów oraz odpowiednie środki.
Fundatorem pierwszego kościoła był Piotr z Cieciszowa Cieciszewski oraz jego małżonka Felicja Szczęsna-Stadnicka, córka Stanisława znanego w historii „diabła łańcuckiego”. Ofiarowali oni na rzecz zakonu dom z ogródkiem w pobliżu miejskich murów na terenie zwanym Plac na Bramie. W 1629 r. biskup przemyski Adam Nowodworski wydał dekret zatwierdzający fundację, którą potwierdził w 1630 r. król Zygmunt III Waza. W konsekwencji wzniesiono drewnianą kaplicę oraz rozbudowano otrzymany dom, w którym mieścił się klasztor. Kaplicy poświęconej przez bp. Nowodworskiego nadano patronat św. Antoniego z Padwy. W 1637 r. pożar na przedmieściach strawił nowo postawioną budowlę. W rękopisie z tamtych lat widnieje informacja dotycząca tego zdarzenia: „Kaplica, mieszkania i wszystkie rzeczy konieczne do naszego ubogiego życia spłonęły, a bracia straciwszy nadzieję na odbudowanie zniszczeń, postanowili opuścić to miejsce na zawsze”. Tak się jednak nie stało. Z inicjatywy Hermolausa Tyrawskiego z Tyrawy, obywatela ziemi sanockiej odrodziła się fundacja, a w 1641 r. przystąpiono do budowy murowanego kościoła i klasztoru. 30 czerwca sufragan przemyski bp Mikołaj Krasicki poświęcił kamień węgielny. W 1645 r. ukończono budowę a poświęcenia dokonał prowincjał Ambroży Stalicki.
W historii kościoła i klasztoru nie brakowało momentów dramatycznych. W 1657 r. klasztor zajęli Kozacy pod wodzą Rakoczego i przysposobili go na fortecę. Przy okazji żołnierze rozgrabili i zniszczyli ołtarze, a klasztor prawdopodobnie spłonął. Z chronologii zdarzeń warto przybliżyć kilka faktów. Pierwszy rozbiór Polski spowodował, że diecezja przemyska dostała się pod zabór austriacki. Władze austriackie postanowiły w 1776 r. rozebrać miejskie mury. Gruz z rozbiórki i śmiecie zwożono pod klasztorne mury oraz plac targowy przy ulicy Mniszej. W efekcie zasypano fosę i kanał ściekowy z klasztoru i całego przedmieścia. Sztuczne podniesienie terenu oraz zniszczenie odpływu spowodowało, że woda deszczowa i ścieki spływały do ogrodu i zalewały pomieszczenia klasztorne. Ogromne zniszczenia spowodowała powódź w 1845 r. Mimo wciąż niepewnych losów klasztoru w połowie XIX w., kiedy władze austriackie planowały całkowitą jego likwidację wciąż trwały prace przy wyposażeniu i modernizacji.
Z biegiem lat kościół i klasztor nabierały dzisiejszego kształtu. Trudno wymienić wszystkich fundatorów, budowniczych, rzemieślników i artystów, którym budowla zawdzięcza swą estetykę. Wspomnę jedynie o inżynierze Ferdynandzie Majerskim, którego firma szczególnie angażowała się w wiele przedsięwzięć. Między innymi w 1902 r. przeprowadzono renowację fasady kościoła na podstawie jego koncepcji, a w 1907 r. inżynier Majerski zaprojektował wyposażenie chóru zakonnego, w 1923 r. obramowanie do ołtarzy św. Franciszka i św. Piotra z Alkantary, a jego firma wykonała remont kapitalny wieży kościelnej. Trzy lata później według pomysłu Majewskiego wykonano nowe płaskorzeźby stacji drogi krzyżowej. Wśród ważnych dat wymienić trzeba lata 1957-1960, kiedy wyremontowano mury, poddano renowacji Kaplicę Drogi Krzyżowej, odnowiono ogrodzenie oraz zainstalowano w kościele centralne ogrzewanie. W latach 1977-1978 odnowiono polichromię kościoła.
Dzisiejszy wygląd kościoła Reformatów jest kontynuacją wysiłków wkładanych przez pokolenia przemyślan w miejsce, które trwale wrosło w tradycję i historię miasta. Ostatnio przeprowadzone prace renowacyjne drogi krzyżowej, murów oraz pomnika o. Krystyna Szykowskiego sprawiły, że kościół stał się perłą architektoniczną Przemyśla. Cieszy oczy wspaniały wygląd świątyni, ale wizualne efekty nie mogą przesłaniać idei, której w istocie swej służą. Jest nią Kult Męki Pańskiej i cześć dla Krzyża.
Zgodnie z wolą swego Założyciela, św. Franciszka, kapituła generalna określiła w 1688 r. charakter zakonu: „Jesteśmy naśladowcami Patriarchy, który naśladował życie Jezusa Chrystusa i był zupełnie pochłonięty rozmyślaniem Jego Męki. Nagrodą za to były stygmaty udzielone mu przez Zbawcę jeszcze za życia. Nie ma nic milszego Bogu nad to nabożeństwo, a dla nas pożyteczniejszego. Inne zakony szczycą się szkaplerzem czy różańcem, nasz zaś Zakon szczyci się szczególnym nabożeństwem do Męki Pańskiej, Drogą Krzyżową i miejscami świętymi w Jerozolimie”. Kapituła poleciła również, aby we wszystkich kościołach franciszkańskich erygować stacje drogi krzyżowej oraz rozpowszechniać nabożeństwo ku czci męki Chrystusa, tak wśród zakonników jak i świeckich.
Rozwój kultu Męki Pańskiej nastąpił po roku 1726, kiedy papież Benedykt XIII udzielił odpustu zupełnego tym wszystkim, którzy odprawiają Drogę Krzyżową. W 1731 r. papież Klemens XII pozwolił franciszkanom budować kaplice stacji drogi krzyżowej na cmentarzach i placach przy ich kościołach. Nabożeństwo Drogi Krzyżowej stało się powszechne, a kaplice stacji wznoszono przy klasztorach w latach 30. XVIII w. Prawdopodobnie w tym czasie wybudowano kaplicę przy przemyskim klasztorze. Zasługą przemyskich reformatów jest erygowanie drogi krzyżowej w kościołach diecezji przemyskiej. Niestety nie jest znana pełna liczba tych miejsc. Reformaci byli na naszym terenie jedynym klasztorem uprawnionym do erygowania stacji drogi krzyżowej. Z kronik wiadomo np.: że o. Stefan Dziąba ówczesny gwardian, erygował w 1928-1930 stacje w następujących kościołach: Mrzygłód, Drohobycz, Trzecieniec, Kosienice, Maćkowice, Marjanka, Starzawa koło Chyrowa, Hurko, Orzechowce, Ujkowice, Wacławice. Reformaci przez następne lata kontynuowali tą działalność. Kult Męki Pańskiej nie odbiega od wskazań i woli Założyciela. Stacje sytuowano w obrębie klasztornych murów. Podobnie jest w Przemyślu. Wspaniale odnowione kaplice w obrębie dziedzińca przykościelnego tworzą kameralny i estetyczny zakątek świątyni, gdzie sprawowane będą nabożeństwa Drogi Krzyżowej, które stały się uświęconą tradycją. Odbywają się codziennie w okresie Wielkiego Postu oraz przez cały listopad - w intencji zmarłych oraz w każdy piątek. „Naszym pragnieniem jest - powiedział gwardian o. Damian, aby to piękne miejsce nie było tylko fragmentem architektury, ale żyło modlitwą i kultem Męki Pańskiej wśród mieszkańców miasta, aby przyciągało naszą młodzież. Najwspanialsza architektura bez żywej wiary jest jałowa i pusta. To bardzo budujące, jeżeli dzisiaj obserwujemy, że franciszkańska misja Drogi Krzyżowej nie gaśnie, lecz zyskuje zwolenników i wciąż trwa. Takim przykładem jest nasze miasto, w którego tradycję coraz mocniej wpisuje się uliczna pielgrzymka wiernych na Kopiec pod Krzyż Zawierzenia, podczas której rozważana jest Męka Pańska. Oby uroczystość poświęcenia odnowionej drogi krzyżowej stała się powodem refleksji o roli Krzyża w życiu każdego z nas”.