Urodzony 26 sierpnia 1965 roku w Pradze Pavel Fischer ukończył studia filozoficzne na Uniwersytecie Karola, w Genewie studiował naukę społeczną Kościoła, ponadto studiował w prestiżowej francuskiej École nationale d’administration (ENA), w której kształcą się elity polityczne Francji.

Przez krótki czas uczył francuskiego w gimnazjum, w latach 1991-1993 był osobistym sekretarzem Františka Lobkowicza – obecnego biskupa ostrawsko-opawskiego. Przez kolejne dwa lata był wicedyrektorem praskiego instytutu komunikacji. W latach 1995-2003 pracował w kancelarii prezydenta Republiki Czeskiej, między innymi jako doradca Václava Havla. W latach 1999-2003 był kierownikiem wydziału politycznego kancelarii prezydenta. Przez kolejne siedem lat był ambasadorem we Francji i Monako, a następnie pracował w Ministerstwie Spraw Zagranicznych. Jest żonaty i ma czworo dzieci.