Był niezwykle wykształconym człowiekiem. Odbył studia teologiczne w Kolonii i Lowanium. W 1543 r. wstąpił do zakonu jezuitów, a w 1546 r. przyjął święcenia kapłańskie. Był znakomitym teologiem, w soborze w Trydencie uczestniczył w charakterze teologa konsultora. W 1556 r. Ignacy Loyola mianował go pierwszym prowincjałem nowo utworzonej prowincji niemieckiej zakonu, która miała wówczas zaledwie trzy domy: w Ingolstadt, Wiedniu i Pradze. Skierował go również do pracy apostolskiej na ziemiach germańskich, by ratować je przed całkowitym opanowaniem przez protestantyzm. W 1558 r. Piotr Kanizjusz odbył podróż do Polski (Kraków, Łowicz, Piotrków Trybunalski), towarzysząc nuncjuszowi Kamilowi Mentuatiemu. Przyjaźnił się z kard. Stanisławem Hozjuszem.

Święty Piotr Kanizjusz jest nazywany apostołem Niemiec; jego życiu i dziełu swoją encyklikę Militantis Ecclesiae poświęcił papież Leon XIII. Pozostawił po sobie dzieła teologiczne i apologetyczne, m.in.: Katechizm mały, Katechizm średni i Katechizm wielki oraz Summę nauki katolickiej. Benedykt XVI podkreślił, że Piotr Kanizjusz uczy nas „w sposób jasny, że posługa apostolska jest skuteczna i przynosi owoce zbawienia w sercach tylko wtedy, gdy kaznodzieja sam jest świadkiem Jezusa”.