Apogeum kryzysu nastąpiło w 1953 r. po ogłoszeniu przez Radę Państwa dekretu o obsadzaniu stanowisk kościelnych wyłącznie za zgodą komunistów. Słynne: „Non possumus!” prymasa Polski kard. Stefana Wyszyńskiego oznaczające stanowczy sprzeciw wobec wprowadzonym przepisom dało początek masowym aresztowaniom i represjom stosowanym względem osób duchownych. Opinią publiczną wstrząsnął proces bp. Czesława Kaczmarka z Kielc, który za rzekomą współpracę w czasie wojny z Niemcami oraz szpiegostwo na rzecz Watykanu i USA został skazany na 12 lat więzienia.

W nocy 25 września 1953 r. aresztowano kard. Stefana Wyszyńskiego. W celu pozyskania zeznań obciążających prymasa Polski zatrzymano także jego kapelana i bp. Antoniego Baraniaka, którego bez procesu więziono przez 27 miesięcy i poddawano licznym torturom. Bito, zrywano mu paznokcie czy trzymano przez kilka dni i nocy nago w wilgotnej i zimnej celi wypełnionej fekaliami. Mimo tych okrucieństw kapłan nie dał się złamać. Prócz wymienionych hierarchów w tych dniach władze aresztowały lub internowały jeszcze siedmiu innych biskupów i administratorów diecezji.

25 września 1953 r. doszło jeszcze do innych niecodziennych „odwiedzin”. Otóż wieczorem, w chwili gdy odbywało się aresztowanie prymasa Polski i jego kapelana, do rezydencji biskupiej w Łodzi przybyła płk Julia Brystiger – dyrektor bezpieki do spraw walki z Kościołem, znana ze stosowania podczas przesłuchań sadystycznych tortur, kończących się nawet śmiercią. Złożyła wówczas ordynariuszowi diecezji łódzkiej, bp. Michałowi Klepaczowi, „propozycję nie do odrzucenia” – szantażem zmusiła hierarchę do objęcia po uwięzionym kard. Stefanie Wyszyńskim funkcji przewodniczącego Konferencji Episkopatu Polski, zastrzegając, że inni biskupi wybrani na to stanowisko zostaną natychmiast aresztowani. Biskup Michał Klepacz, chcąc uniknąć dalszych zatrzymań, wyraził zgodę na kompromisową linię współpracy między rządem a Kościołem. Wstrząśnięci przebiegiem wypadków biskupi wybrali ordynariusza diecezji łódzkiej przewodniczącym Konferencji Episkopatu Polski. Jednocześnie potępili działalność kard. Stefana Wyszyńskiego i bp. Czesława Kaczmarka oraz złożyli ślubowanie na wierność PRL. Był to akt politycznej kapitulacji hierarchów Kościoła.

Wraz z internowaniem kard. Stefana Wyszyńskiego rozpoczął się, trwający do 1956 r., okres nazwany przez Stolicę Apostolską „Kościołem milczenia” w Polsce. W tym czasie władze państwowe usunęły religię ze szkół, zamknęły bursy i internaty prowadzone przez zakony, a także żeńskie domy zakonne na Ziemiach Odzyskanych. Mimo to bp. Michałowi Klepaczowi udało się przeprowadzić polski Kościół przez ten najtrudniejszy okres w jego historii, broniąc go przed oderwaniem od Stolicy Apostolskiej oraz całkowitym uzależnieniem od władzy państwowej.