Muzeum Katyńskie założono w 1993 r. w Forcie Czerniakowskim, ale miało charakter tymczasowy, oczekiwało na właściwą ekspozycję. Powstało staraniem środowisk związanych z Rodzinami Katyńskimi, ze wsparciem Muzeum Wojska Polskiego. W 2010 r. rozstrzygnięto konkurs na aranżację siedziby muzeum w kaponierze Cytadeli Warszawskiej, w pobliżu zbiegu Wybrzeża Gdyńskiego i ul. Rafała Krajewskiego. Stanowi ono dziś oddział Muzeum Wojska Polskiego w Warszawie. Zgromadziło kilkadziesiąt tysięcy eksponatów, w większości wydobytych ze zbiorowych mogił w Katyniu, Charkowie, Miednoje i Bykowni. Są to m.in. fotografie, przedmioty, archiwalia.

Jak zaznacza szef muzeum Sławomir Z. Frątczak, w ekspozycji artefaktów, skądinąd dowodów zbrodni katyńskiej, pomogą instalacje multimedialne służące do wspomagania i uzupełniania narracji historycznej. Widz staje się dzięki nim aktywnym uczestnikiem ekspozycji. – Umożliwią mu one zasięgnięcie dodatkowych informacji o wydarzeniach i bohaterach zbrodni – twierdzi Sławomir Frątczak. Eksponaty mają być prezentowane w tradycyjny, choć sugestywny sposób. Zamiast gablot pojawiły się drewniane, żołnierskie skrzynie, wewnątrz których ułożono przedmioty tak, jak odnaleziono je w mogiłach, oraz tzw. relikwiarze. To oświetlone naczynia z artefaktami.

Obok ekspozycji w kaponierze znajduje się plac, na którym umieszczono m.in. instalacje „Warta”, „Blizna” i „Sarkofagi”. Pierwsza z nich symbolizuje cmentarze katyńskie w formie drzew, druga jest ścieżką biegnącą jak blizna przez „Wartę”, prowadzącą do wnętrza wystawy w kaponierze. „Sarkofagi” to kilka kamiennych wagonów na szynach wymownie znikających w ziemi.