Jednym z nich jest jego kontakt z osadzonymi w Areszcie Śledczym w Lublinie, gdzie KUL prowadzi Centrum Studiów dla Osadzonych. To także korespondencja z rektorem KUL i wspólne przedsięwzięcia. „Wszyscy popełniamy w życiu błędy; Bóg nie męczy się przebaczeniem" – podkreślił papież Franciszek w liście do studentów Centrum Studiów KUL dla Osadzonych przy Areszcie Śledczym w Lublinie. List z Watykanu został przesłany do rektora KUL, ks. prof. Mirosława Kalinowskiego, z okazji inauguracji roku akademickiego w Centrum Studiów KUL przy Areszcie Śledczym w Lublinie. Uroczystość była połączona z dziesięcioleciem kształcenia więźniów przez Katolicki Uniwersytet Lubelski Jana Pawła II. Ojciec Święty, za pośrednictwem listu, skierował błogosławieństwo do więźniów, prosząc ich jednocześnie o modlitwę: „Proszę, nie zapominajcie się modlić za mnie. Dziękuję!" – napisał Franciszek. Osadzeni odpowiedzieli na korespondencję, która dotarła do biskupa Rzymu.

Innym przykładem zainteresowania i poważania KUL były gratulacje papieża Franciszka dla rabina prof. Abrahama Skórki, który otrzymał tytuł doktora honoris causa Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego Jana Pawła II. „Kiedy napisałem mu, że jadę do Polski odebrać tytuł doktora honoris causa Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, odpisał mi bardzo szybko. (...) Jesteśmy naprawdę dwoma bliskimi przyjaciółmi, braćmi – zwracamy się do siebie w mailach: «Drogi Bracie». Kiedy poinformowałem Franciszka o tej uroczystości, tej nagrodzie od KUL, pogratulował mi tego wyróżnienia" – powiedział podczas uroczystości rabin Skórka mediom akademickim KUL.

Uwadze Franciszka nie umknęło wydanie książki o rodzinie Ulmów „Zabili nawet dzieci" (Manuela Tulli, ks. Paweł Rytel-Andrianik), która powstała we współpracy z uniwersytetem. List w imieniu papieża napisał wówczas abp Edgar Peña Parra. Wyraził w nim pragnienie, by ofiara złożona przez rodzinę Ulmów stała się „symbolem wartości, których nie wolno zdradzać" – nawet pod groźbą śmierci.

Kolejnym wspólnym projektem z udziałem biskupa Rzymu była publikacja zbioru myśli Karola Wojtyły: La meta è la felicità (Celem jest szczęście). Publikację wstępem opatrzył papież Franciszek, a wprowadzenie napisał rektor KUL ks. prof. Mirosław Kalinowski. „Trzeba odkryć osobowość Karola Wojtyły – dzieło, działalność i nauczanie jako człowieka, kapłana, biskupa i kardynała, a także jego szczególną relację z młodzieżą, jego ojcowską postawę wobec nich oraz dramat jego życia, w którym tracił po kolei wszystkich członków swojej rodziny" – podkreślił Ojciec Święty.

Z papieżem Franciszkiem wielokrotnie mogli spotkać się pracownicy uniwersytetu, którzy nie tylko uczestniczyli w oficjalnych audiencjach, ale także mieli okazję zetknięcia się z Ojcem Świętym w Domu św. Marty.

Wreszcie, nauczanie i myśl Franciszka stały się przedmiotem badań naukowców KUL, pochylających się nad encykliką „Laudato si' czy adhortacją „Laudate Deum”, w której papież zauważa, że ludzkość nie reaguje dostatecznie na negatywne zmiany klimatyczne.